Воспитанница краснодарского футбола с 2020 года выступала за санкт-петербургский «Зенит», за который провела в общей сложности 41 матч в Суперлиге, Кубке России и Молодёжной лиге, забила 20 мячей и отдала 3 результативные передачи.
Особенно успешным для Елены получился сезон-2022: нападающая в 23 матчах за «Зенит» забила 19 мячей, сделала одну голевую передачу и стала чемпионкой Суперлиги в составе сине-бело-голубых.
Кроме того, Шестернёва дважды завоёвывала бронзовые медали чемпионата России (в 2019 году в составе краснодарской «Кубаночки» и в 2021-м – в составе «Зенита»), а также трижды выходила в финал Кубка России (2016, 2021, 2022).
Игрок «Динамо» – с января 2023 года.
25 марта 2023 года забила свой первый гол за «Динамо» в официальных матчах – в ворота ЖФК «Рязань-ВДВ» (5:0). В этом же матче оформила хет-трик – первый в истории ЖФК «Динамо» в Суперлиге! Посмотреть его можно по этой ссылке.
Её третий мяч в ворота «Рязани-ВДВ» после элегантного парашютика был также выбран болельщиками лучшим голом «Динамо» в марте 2023 года, в мае 2024 года её мяч в ворота «Звезды-2005» (2:1) был назван болельщиками «Динамо» лучшим голом месяца.
В июле 2024 года Елена была впервые признана лучшим игроком месяца в составе московского «Динамо».
У нападающей также есть опыт выступлений за сборные России разных возрастов: юношескую (до 17 лет – 5 матчей), молодёжную (до 19 лет – 19 матчей, 4 гола) и даже студенческую (4 матча), в составе которой Елена стала бронзовой призёркой летней Универсиады-2019 в Неаполе.
17 июня 2019 года дебютировала за национальную сборную России в товарищеской игре против Чехии, выйдя во втором тайме на замену вместо Нелли Коровкиной.